Освоение Сибири купцами и служивыми людьми требовало больших затрат на средства передвижения. Одни лишь конные повозки не могли перевозить оружие, товары, и необходимое снаряжение на такие огромные расстояния. Спасительным в тех условиях стал водный путь. В 1858 году произошло знаменательное событие, которое ускорило развитие водного транспорта в Сибири. Тюменский купец Наум Тюхин решил построить пароход для перевозки товаров. И дал название пароходу «Основатель», но корпус имел размеры 42 метра в длину и при написании имени на колесном кружале последние четыре буквы не вместились. Пароход появился перед изумленными гражданами в 1844 году. А за ним прибыл пароход «Ермак» (1854г.). В 1893 году возникает пароходство купчихи Мельниковой и первые ее пароход предназначен для перевозки пассажиров от Бийска до Томска. В 1894 году начинает работать первая землечерпательная машина. 19 марта 1902 г. основана Томская пристань. Пароходы постепенно вытесняются теплоходами. В 1921 году в Томске открылся техникум водного транспорта. В Советском Союзе к моменту перестроечного периода существовало более 130 портов. В результате социально-экономических преобразований в стране «выжило» всего 4, среди которых был и Томский порт. Томская судоходная компания не просто выжила, но и стала осваивать новые виды деятельности, расширять географию работ, привлекать дополнительные грузопотоки. Сегодня она занимает одно из ведущих мест в транспортной системе Западной Сибири. В настоящее время на основе Томской судоходной компании создан холдинг (включает ОАО «ТСК», Моряковскую и Самусьскую РЭБ флота, Самусьский судостроительно-судоремонтный завод и Новосибирский речной порт).Музей ОАО «Томская судоходная компания» является наследником музея Томского речного порта, открытого в начале 1980-х годов по инициативе известного томского краеведа Павла Афанасьевича Липухина, который и возглавил его на общественных началах. Открыт был музей в ноябре 1981 г. Первоначально музей располагался в бывшем клубе водников (пер. Совпартшкольный, 2), который был центром культурной жизни речников. Около входа был поставлен один из ярчайших экспонатов того времени – многопудовый якорь, найденный томскими речниками.После ввода в 1985 году нового здания речного вокзала и пригородных касс, клуб был снесен, на его месте начали строительство жилого дома для речников и музей остался без помещения, экспонаты хранились в здании нового вокзала и на территории блока бытовок в порту и при таком хранении много экспонатов утеряно.

Далее музей перевели в здание учебного комбината, где он и существовал до 2015 года. В апреле 2015 года музей переехал в новое здание в речном вокзале. В здании 2 комнаты: первая – это военно-патриотический зал, где отражены речники в годы ВОВ. Вторая комната отражает всю историю Томской судоходной компании. Макеты, отражающие всю производственную деятельность предприятия. А именно, представлены грузоперевозки с баржой, переработка грузов и перемещение грузов с воды на сушу и наоборот, добыча и переработка нерудных строительных материалов. На макете баржи представлены основные виды продукции: песчано-гравийная смесь (ПГС), фракционированный гравий, крупнозернистый песок, признанный в 2000 году, лучшим товаром России, дробленный щебень.Все модели изготовлены известным мастером – Коровиным Борисом Ивановичем, который вел единственный в Томске судомодельный кружок. В музее не представлен такой вид деятельности, как пассажирские перевозки, так как они сошли на нет. Сегодня работают прогулочные теплоходы типа «Москва». Пассажирские перевозки отражены лишь на стендах и на фотографиях. Даже есть фотографии, когда порт осваивал суда на воздушных подушках.Интересные находки со дна реки поднимали речники: зуб мамонта (представлен в музее) бивни мамонта (переданы в палеонталогический музей ТГУ) и даже бомбу, которую вывезли и обезвредили специалисты саперы.В настоящее время музей находится под опекой совета ветеранов предприятия. В музее проводятся встречи ветеранов.